Спустя годы тренировок, Наруто возвращается в родную деревню и встречает старых друзей. Вместе с Сакурой он вновь сражается с Какаши за колокольчики, а затем, узнав о захвате Гаары, отправляется на поиски Казекаге. Встретившись с «Акацки» и в итоге выручив старого друга, Наруто вновь возвращается в Коноху, где встречает Сая и Ямато, с которыми ему суждено отправиться в логово Орочимару на миссию по спасению ещё одного старого друга, на этот раз Учихи Саске. Наруто пробуждает четыре хвоста «Покрова Девятихвостого», сражается с Орочимару, ранит Сакуру, но в итоге всё оказывается зря – Учиха не проявляет особого желания идти за Узумаки и тот (уже в который раз) возвращается в свою деревню ни с чем.
Желая стать ещё сильнее, герой начинает упорно тренироваться под началом Какаши и Ямато, в итоге создавая «Расен-сюрикен» и уничтожая Какузу. Далее Наруто в сопровождении товарищей из деревни ищет Саске уже по следу его брата Итачи, однако отряд прибывает на руины убежища Учиха слишком поздно. В итоге герой снова возвращается в Коноху.
Узнав о смерти Извращённого Отшельника Джирайи, Наруто, желая стать ну совсем уж ещё сильнее, проходит курс обучения Сендзюцу на горе Мьёбоку вместе с Фукасаку, после чего возвращается в уже не совсем Коноху, стёртую с лица земли Пейном. «Режима Отшельника» оказывается недостаточно, чтобы остановить шесть бессмертных тел, и Наруто, видя страдания Хинаты, высвобождает сразу шесть хвостов «Покрова», а чуть позже целых восемь. На помощь приходит образ из остатков чакры Минато, который ставит сына на путь истинный и тот успешно поражает Пейна «Расенганом», а затем уничтожает замкнутый круг ненависти с Нагато и Конан.
На этом бы всё хорошо закончилось, если бы не выходки внезапно объявившегося Саске, повлекшие за собой срочное собрание Совета Пяти Каге в Стране Металла. Наруто направляется туда с целью просить милости у Райкаге, но получает суровый отказ. Вскоре из ниоткуда вылезает Тоби и ещё больше ухудшает настроение молодого Джинчурики рассказами о прошлом кланов Учиха и Сенджу, а также об Итачи, не так давно погибшем. Пока Учиха младший побеждает временного Хокаге Шимуру Данзо, несчастный Наруто, убитый лживыми намёками Сакуры и бесполезными советами Гаары, падает в обморок. Очухавшись, Джинчурики со всех ног бежит за Какаши, который бежит за Сакурой, которая бежит за Саске, который уже не за кем не бежит. Команда воссоединяется, «Чидори» и «Расенган» сталкиваются вновь, после чего Саске, прокричав что-то нехорошее, исчезает вместе с Тоби, а Наруто возвращается в не простую Коноху, а в заново отстроенную Коноху.
Правда долго ему сидеть на месте не пришлось. Героя ожидал роскошный круиз до райского острова, на котором под надзором Би Наруто учится контролировать силу Лиса, встречает мать и узнаёт о начавшейся войне. Имея бешеное желание опробовать новый режим в действии и как всегда спасти всех и вся, он в сопровождении того же Би стрелой летит на фронт и даже Эй с Цунаде не могут его удержать. Пока клоны разбираются с ситуацией на линии огня, оригинал встречает воскрешённых Итачи и Нагато. Учихе удаётся вырваться из под контроля «Эдо Тенсей», после чего он запечатывает Узумаки старшего и отправляется по своим делам, предварительно дав Наруто ещё один совет относительно Саске.
Далее Джинчурики сталкиваются с другими Джинчурики, охраняющими Тоби. С помощью прибывших на место Какаши и Гая, Наруто успешно отбивается от атак контролируемых злодеем Биджу, делает союзника из некогда агрессивного Девятихвостого и осваивает «Режим Биджу», а после отмены «Эдо Тенсей» разбивает маску Тоби и видит какого-то незнакомца, который якобы раньше был товарищем Какаши, - но это совсем другая история. Учиха Обито знакомит противников с Мадарой и Десятихвостым, Наруто же знакомит плохих ребят с Альянсом. Внезапно появляются Саске и «Така», а с ними живой - здоровый Орочимару и воскрешённые Хокаге. Вместе они противостоят Обито, ставшему Джинчурики Десятихвостого и силами Альянса вытягивают Хвостатых из его тела обратно. Сражённый Обито более не представляет угрозы, поэтому Наруто и компания отправляются на подмогу легендарному Хашираме, вступившему в бой с не менее легендарным Мадарой.
