Орочимару родился в Конохе. Став Генином, сирота со спокойным и умиротворённым нравом попадает в команду Хирузена, чётко ставя перед собой цель - стать сильнее. В то же время Орочимару обретает первых друзей – Джирайю и Цунаде. Остальные жители деревни видят в мальчике нечто нечеловеческое и сторонятся его.
Со временем Орочимару углубляется в науку. Он старается изучить как можно больше техник, понять их природу, обходит поставленные запреты.
Третья Мировая Война закаляет нрав Орочимару. Потерпев неудачу в бою с Ханзо, команда Хирузена обретает новое имя – Троица Саннинов.
По возвращении в Коноху, Орочимару вновь берётся за исследования. Теперь это уже опыты на людях, в числе которых его молодая ученица Митараши Анко. Помимо исследований, Саннин присматривается к юному Учихе Итачи, желая в будущем заполучить Шаринган и обрести ещё более могущественную силу.
Однажды Орочимару попадается Хирузену за исследованием запретных техник, после чего принимает решение оставить Коноху.
Мечты о Шарингане становятся ближе, когда Орочимару вступает в «Акацки», где вновь сталкивается с Учихой Итачи. После неудачной попытки завладеть его телом, Саннин вынужден покинуть организацию.
Основав Деревню Звука, Орочимару направляется в родную деревню, в которой проходит экзамен на титул Чунина. Он дарует Саске проклятую печать, а затем развертывает полномасштабную кампанию по уничтожению Конохи. Орочимару вступает в бой с Третьим Хокаге и одерживает над ним верх (поплатившись за победу возможностью контролировать свои руки). Единственный человек, способный вернуть его руки в нормальное состояние – Цунаде. Орочимару и Кабуто предлагают ей сделку, на что та отвечает отказом. Когда на место прибывают Джирайя и Наруто, завязывается бой, именуемый Битвой Трёх Саннинов, который оканчивается не в пользу Орочимару. Спустя некоторое время, Учиха Саске в поисках силы решает стать учеником Змея. Теперь мечта о Шарингане близка как никогда.
После сражения с Наруто, тело Орочимару начинает понемногу отниматься. Он понимает, что медлить нельзя, поэтому решает поскорее переселиться в тело Саске. Однако планы ученика неожиданно меняются. Саске добивает своего учителя.
Посчитав Орочимару мёртвым, Саске никак не ожидал, что Змей живёт в нём самом. Во время битвы с Итачи, Орочимару получает контроль над Саске с помощью Проклятой Печати, появляясь в форме восьмиглавого змея. К несчастью для торжествующего Саннина, Итачи использует Меч Тоцука, тем самым запечатав его в вечной иллюзии.
Спустя немалое количество времени, Учиха Саске воскрешает Орочимару при помощи клеток Кабуто, свитка из лаборатории и Печати Анко. Саннин, в свою очередь, воскрешает предыдущих Хокаге и ожидает вердикта Саске, от которого зависят дальнейшие его действия. Бывший ученик решает присоединиться к Альянсу и отравляется на поле боя, а вслед за ним и Орочимару.
История создана по мотивам рассказа Алисы Элфман об Орочимару.
