Как и многие другие сироты, в юности Сай попал в "Корень" под начальство Данзо, чтобы тот сделал из мальчика первоклассную машину для убийства. Там он познакомился с Шином, который подружился с Саем, после чего они стали называть друг друга "братьями". Когда настал черёд расставаться с чувствами, Сай выступил в бою один на один против ослабленного болезнью Шина и победил, с трудом отказавшись от "брата" и эмоций.
Через некоторое время Данзо поручает Саю особо важную миссию: убить Учиху Саске, внедрившись в обновлённую Команду №7, подстроив предательство и расправившись с целью в убежище Орочимару. Не понимающий тонкостей человеческого характера художник поначалу не ладит с окружающими, однако когда план "Корня" всплывает на поверхность, и Саске едва не убивает Наруто, Сай приходит товарищу на помощь, приняв его ценности как свои собственные. Пускай художник и проваливает задание, зато обретает нечто большее: уважение, друзей и полноправное место в команде.
Как и многие другие ниндзя Листа, Сай участвует в миссии по поиску Итачи, которая плодов практически не приносит.
Со временем холодный художник возвращает себе всё больше эмоций, защищая Наруто от ниндзя Облака и помогая Сакуре в Стране Металла ликвидировать Саске, хотя помощь была оказана, скорее, Наруто, которому герой рассказывает о намерениях Харуно и становится жертвой её предательства, засыпая, надышавшись парами снотворного газа.
С наступлением Четвёртой Мировой, Сай попадает в отряд разведки Альянса под руководством Канкуро и сражается с диверсионным отрядом врагов, в числе которых замечает воскрешённого Шина. Его приводит в ярость отношение к памяти "брата»!
Художник помогает запечатать Дейдару и Сасори, а затем оплакивает вновь ушедшего Шина.
Разобравшись с одним отрядом, Сай переключается на другой, а именно помогает в запечатывании воскрешённых мечников. Вместе с Альянсом он прибывает на помощь Наруто и наблюдает за воскрешением Десятихвостого, а затем и за воссоединением первоначальной Седьмой Команды.
