Хьюга Неджи родился в побочной ветви клана Хьюга. Немного повзрослев, он стал телохранителем своей двоюродной сестры Хинаты из главной ветви. Когда отец Неджи жертвует собой, дабы спасти жизнь брата, в сыне просыпается ненависть к основной ветви, что сказывается на отношениях с Хинатой и её роднёй.
Став Генином, Неджи попадает в команду Гая. Люди зовут его «Гением Конохи», ставя в один ряд с Учихой Саске и Нара Шикамару.
Свои выдающиеся способности Неджи проявляет во время экзамена на титул Чунина. Он без особого труда побеждает робкую сестру, но в последний момент проигрывает Узумаки Наруто, которому удаётся изменить его взгляды на ситуацию в семье и на жизнь в целом. Неджи налаживает отношения с основной веткой и берётся за обучение Хинаты.
Когда Саске покидает деревню, Неджи присоединяется к отряду Шикамару, который сталкивается с шиноби Звука. Молодой Хьюга вступает в бой с Кидомару и выходит из него победителем. Позже его полуживое тело относят в Коноху, где ниндзя-медики занимаются реабилитацией.
Спустя два года, Неджи в составе команды Гая отправляется на миссию по спасению Гаары в качестве подкрепления. Им удаётся сразить поддельного Кисаме и победить свои копии возле логова «Акацки», после чего команда возвращается обратно в свою деревню.
Во время Четвёртой Мировой Войны, Неджи попадает во второй отряд и сражается с клонами Белого Зецу вместе с Хинатой. Когда Альянс прибывает на помощь Наруто в бою с Десятихвостым, Обито пытается пронзить Наруто древесными иглами, его заслоняет Хината, а её, в свою очередь, Неджи. Он просит Наруто заботиться о сестре, после чего погибает.
