Наруто родился в самый, казалось бы, неподходящий момент: во время атаки Учихи Обито и Девятихвостого на Коноху. В тот же день погибли оба его родителя – Четвёртый Хокаге Намиказе Минато и Узумаки Кушина, оставив сына сиротой и запечатав в нём Демонического Лиса.
Летят годы. Жители деревни всячески притесняют и унижают Наруто, считая его никчёмным и даже опасным. Всё из-за силы внутри мальчика, некогда так навредившей деревне. У Наруто нет друзей. Его обходят стороной, поэтому юный Джинчурики занимается вандализмом, дабы привлечь к своей персоне хоть какое-нибудь внимание. Несмотря на всю тяжесть, взвалившуюся на детские плечи, Наруто решает стать ниндзя, - да не простым, а самим Хокаге.
В Академии он знакомится со множеством детей, среди которых выделяется Учиха Саске – такой же сирота, как и Наруто. С той поры началось их постоянное соперничество. Саске преуспевал в учёбе и был кумиром девочек, за что Наруто его терпеть не мог. Тем не менее, Наруто всё же удалось, пусть и с трудом, сдать экзамен Академии, выручив из беды своего учителя Ируку, который был первым, кто разглядел в мальчике не чудовище, а весёлого и жизнерадостного ниндзя, идущего к своей мечте.
Став Генином, Наруто оказался в команде №7 вместе с Харуно Сакурой, которую любил, и Учихой Саске, которого любил не особо. Их наставником стал Хатаке Какаши, устроивший традиционный экзамен с колокольчиками. Едва не завалив его, благодаря щедрости товарищей по команде, Наруто удалось сдать экзамен и отправиться на свою первую серьёзную миссию в Стране Воды.
Сопровождая Тазуну, наш герой узнаёт, как трудно быть ниндзя, на примере Забузы и Хаку, вынужденных делать грязную работу ради денег на пропитание. Его душу сильно ранит печальная судьба мечника и его подопечного, которые умирают на мосту, позже названном в честь Наруто. Именно тогда он познаёт боль, с которой постоянно сталкивается ниндзя, - видит, как страдает его товарищ и впервые освобождает сокрытую глубоко внутри чакру.
Вернувшись в Коноху, Наруто узнаёт про экзамен на титул Чунина и принимает в нём участие. Пройдя письменный тест, так ничего и не написав, герой отправляется в Лес Смерти, где встречает множество опасностей, в числе которых Орочимару и ниндзя Звука, атакующие группу Генинов. Благодаря поддержке других команд, команде №7 удаётся пройти дальше и сразиться в турнире 1 на 1. В то же время наш герой знакомится со своим будущим учителем Джирайей, который обучает его «Технике Призыва». Наруто, решая ни в коем случае не отступать, побеждает сначала Кибу, затем Неджи, а потом и атаковавшего деревню Гаару в облике Шукаку, меняя взгляды песчаного Джинчурики на жизнь. Таким образом, друзей у Наруто становится больше и больше с каждым днём.
Узнав о смерти Третьего, Джирайя берёт молодого ученика с собой на поиски Цунаде. Они принимают участие в Битве Трёх Саннинов и приводят в Коноху новую Хокаге, а Наруто изучает легендарный «Расенган».
Однако всё хорошее когда-нибудь кончается. Саске, с которым Наруто успел сдружиться, покидает деревню. Молодой Джинчурики в составе «Отряда Шикамару» отправляется на спасательную миссию, в ходе которой едва не теряет всех своих новых друзей. Он сталкивается с гением клана Кагуя – Кимимаро, однако прибывший на место Ли даёт Наруто шанс догнать Саске. Начинается долгая схватка «лучших друзей» в Долине Завершения. Саске демонстрирует вторую стадию своей «Проклятой Печати», Наруто же высвобождает один хвост «Покрова Девятихвостого». Оба используют свои на тот момент самые мощные техники, усиливая их дополнительной чакрой Печати и Лиса. В итоге «Скорбное Чидори» и «Алый Расенган» сталкиваются, после чего Наруто теряет сознание, а искалеченный, но ещё способный стоять, Саске продолжает свой путь в логово Орочимару.
Очнувшись в госпитале, Наруто, желая стать ещё сильнее и когда-нибудь вернуть Саске, принимает предложение Джирайи и уходит с ним в длительное странствие на долгих два с половиной года.
