Прошлое Ямато покрыто завесой тайны, - известно лишь, что он был пленён Орочимару, который вживил в него гены Сенджу Хаширамы, подарив способность использовать Стихию Дерева.
Само имя "Ямато" (вместо бывшего "Тензо") было присвоено ему уже как члену АНБУ, Пятой Хокаге Цунаде, когда она назначила хранителя древесного стиля временными капитаном новой Седьмой Команды. Под его руководством отряд, состоящий из Наруто, Сакуры и Сая, направился на встречу со шпионом Сасори для получения информации об Учихе Саске. Когда чакра Девятихвостого в Наруто вышла из-под контроля, Ямато приложил все усилия для её подавления. Наконец добравшись до логова Орочимару, команда встретилась с Саске, который ранил Ямато и исчез. Отряд вернулся в деревню ни с чем.
Далее Ямато помогает Наруто в создании новой техники, в случае необходимости сдерживая вырывающуюся чакру Лиса, а затем прибывает вместе с учеником в Лес Мёртвых Деревьев и наблюдает за тем, как Наруто поражает Какузу «Расен-Сюрикеном». Также Ямато был одним из тех, кто участвовал в поисках Учихи Итачи.
Во время вторжения Пейна, Ямато находился на миссии, но даже на далёком расстоянии он чувствовал вырывающегося на волю Девятихвостого. После разрушения деревни Ямато помогал её восстанавливать.
Позднее он сопровождал Наруто в Страну Металла. Ямато было приказано следить за тем, чтобы Наруто не вырвался и не отправился за Саске, однако капитан проморгал побег Джинчурики и впоследствии об этом сожалел.
Когда Наруто отправился на Остров-Черепаху для обучения контролю чакры Девятихвостого, Ямато отправился с ним. Капитан наблюдал за успехами ученика, а когда объявился Кисаме, помог его обездвижить. Затем Кабуто удалось захватить Ямато и поместить его в скалу для усиления армии Белых Зецу древесной чакрой. Он и по сей день торчит там и, быть может, его кто-нибудь да спасёт.
