Узумаки Нагато стал сиротой после того, как ниндзя из Конохи расправились с его семьёй. Гонимый отовсюду, он встретился с таким же сиротами – Яхико и Конан. Шла Третья Мировая Война и детям требовалась опека. К счастью, на их пути возникли Легендарные Саннины. Один из них, Джирайя, решил остаться с детьми, чтобы научить их самообороне и основам выживания в этом жестоком мире. Именно благодаря тренировкам с Саннином, в Нагато раскрылся его истинный потенциал.
Защищая Яхико, Нагато сам того не ведая, активирует самое мощное в мире додзюцу - глаза Рикудо Сеннина - Риннеган, который, как позже оказалось, был неким «подарком» от Учихи Мадары.
Когда дети достаточно окрепли, Джирайя покинул их.
Яхико, живущий мечтой о «мире во всём мире», создал организацию сопротивления, объединив множество единомышленников. Его идеалы разделял и Нагато.
Однажды их «навещают» Обито, выдающий себя за Учиху Мадару, и Зецу, предлагая сотрудничество, но получают отказ.
Позднее, во время сражения с Ханзо, Яхико жертвует собой ради спасения Конан. Нагато, охваченный яростью, использует призыв «Гедо Мазо» и «Призрачного Дракона». Этот день ознаменовал рождение Пейна.
Находясь в незавидном положении, Нагато всё же принимает предложение Обито и формирует полноценную организацию, цель которой – сбор Биджу. Обездвиженный, он использует шесть мёртвых тел (одно из которых является телом Яхико).
Позже, в деревне Скрытого Дождя, коей ранее правил Ханзо Саламандра убитый Нагато, объявляется Джирайя, и он намерен пресечь действия организации. Ему приходится вступить в неравный бой с шестью телами, управляемыми Нагато – Пейном, способности которого выходят за рамки понимания обычных шиноби. Бой оканчивается в пользу бывшего ученика.
Обито, понимая, что медлить нельзя, посылает Нагато и Конан захватить Джинчурики Девятихвостого. Действия Пейна приводят к тому, что Коноха превращается в огромную воронку, усеянную множеством трупов шиноби.
Когда объявляется Узумаки Наруто, завязывается зрелищный бой, который оканчивается поражением всех шести тел.
После разговора с Наруто, Нагато осознаёт свои ошибки и, используя «Ринне Тенсей», воскрешает всех убитых им шиноби ценой своей жизни.
Во время Четвёртой Мировой Войны, Якуши Кабуто призывает Нагато при помощи «Эдо Тенсей». Вместе с Учихой Итачи, он сталкивается с Наруто и Би. Демонстрируя способности всех шести тел, Нагато становится опасным оппонентом в схватке, но Итачи удаётся запечатать его в мече Тоцука навеки. Душа Нагато обретает вечный покой.
Pain's story (English version):
Uzumaki Nagato was orphaned when ninja of Konoha made short work with his family. Unwelcome anywhere he met other orphans just like him – Yahiko and Konan. It was the Third World War and the children needed care. Fortunately they came across the Legendary Sannin. One of them, Jiraiya by name, decided to stay with the children and teach them the self-defense basics, so they could survive in this cruel world. Only because of trainings with Sannin Nagato revealed his true potential.
When defending Yahiko Nagato unintentionally activates the most powerful dojutsu in the world – Rikudou Sennin eyes – Rinnegan. As it turned out later this was a kind of “gift” from Madara Uchiha.
Jiraiya left the children as soon as they grew strong enough.
Yahiko living in hopes of “peace world” formed an organization of resistance that teamed up a number of allies. Nagato shared his ideals as well.
One day Zetsu and Obito claiming to be Madara Uchiha make a “visit” to them with a partnership proposal. However their offer is refused.
Later battling against Hanzo Yahiko sacrifices himself for Konan. Seized by anger Nagato summons “Gedo Mazo” and the “Ghost Dragon”. This day is memorized as the birth of Pain.
In such a desperate situation Nagato makes up his mind to accept Obito’s offer and forms a full-fledged organization which aim is to collect Biju. Paralyzed he uses six corpses (one of which belongs to Yahiko).
After a while, Jiraiya shows up in the Village Hidden by Rain. It had once been ruled by Hanzo of the Salamander murdered by Nagato. This time Jiraiya is about to cut short the organization activity. Actually he joins the battle with Pain – six bodies controlled by Nagato whose abilities go far beyond the average shinobi understanding. The former student defeats him in this unequal battle.
Obito sees that there’s no time to hesitate so he sends Nagato and Konan to capture Nine-Tails Jinchuuriki. Pain’s activities lead to the dreadful aftereffects. Konoha turns into a huge crater littered with the dead shinobi bodies.
As Uzumaki Naruto appears a spectacular battle that terminates all six bodies sets in.
Talking to Naruto Nagato realizes what mistakes he has done. With “Rinne Tensei” he reanimates all the shinobi he killed, but it costs him his life.
During the Fourth World War Yakushi Kabuto summons Nagato using “Edo Tensei”. Together with Uchiha Itachi he clashes with Naruto and Bee. Prodigious abilities of all six bodies make Nagato a serious opponent but Itachi manages to seal him up in Totsuka sword forever. There his soul finds its final resting place.
