Последний живой представитель стёртого с лица земли клана Кагуя попал в руки Змеиного Саннина, заинтересовавшегося необычайной силой внутри мальчика, позволяющей контролировать собственные кости. Маленький Кимимаро так привязался к Орочимару, что готов был рискнуть всем ради своего опекуна. Он помогал Саннину участием в экспериментах и стал другом ещё одному подопытному Джуго. Именно на основе силы Джуго была создана Проклятая Печать, позднее "дарованная" Кимимаро.
Когда Орочимару убедился в том, что одарённый юноша своим талантом превосходит многих других подопытных, он сделал Кимимаро лидером "Четвёрки Звука" и своим приближённым. Всё шло на лад, картину омрачала лишь тяжёлая болезнь юноши, которую тщетно пытались притормозить Саннин и его подручный Кабуто, зная, что дни Кимимаро сочтены.
Они послали его сопровождать "Четвёрку Звука" и перехватить сосуд с Саске, который был предназначен для Орочимару. Кимимаро справился со своей задачей, выстояв против Узумаки Наруто и Ли. Сражаться всерьёз герой начал в бою с Гаарой, который побудил Кимимаро использовать вторую ступень Печати. Последний Кагуя усеивает поле вокруг костями, и когда кажется, что победа уже за ним, его костяной бур замирает над головой Гаары, не в силах пронзить её: болезнь делает своё дело, с нехваткой всего в секунду Кимимаро проигрывает бой, ставкой на который стала его жизнь.
Способности усиливать и отращивать кости пригодились Кабуто во время Четвёртой Мировой, когда он воскресил Кимимаро и заставил биться с отрядом самураев Мифуне на опушке леса. Также Якуши пересадил часть его клеток себе, чтобы лично манипулировать собственным скелетом. С отменой "Эдо Тенсей" вторая короткая жизнь Кимимаро оборвалась.
