Мальчика без имени и прошлого находят на поле боя в разгар войны. Ему дают дом, имя и семью. Так начинается новая глава в жизни Якуши Кабуто. Фамилия достаётся мальчику от приютившей его воспитательницы детского дома Якуши Ноно, а именем нарекают в честь самурайского шлема. Тогда же Кабуто получает и очки, которые остаются с ним на протяжении всей жизни в память о новой матери.
В приюте мальчик обучается основам медицины и помогает лечить раны пострадавших на войне ниндзя. Среди них оказывается Орочимару, который рекомендует Кабуто лидеру "Корня АНБУ" Данзо. Сирота покидает ставший родным приют чтобы далее обучаться ремеслу ниндзя. Он становится непревзойдённым шпионом, странствует от страны к стране, добывая нужную Листу информацию. На миссии в Скрытом Камне его атакует некто, в ком Кабуто уже после нанесения смертельного ранения узнаёт свою приёмную мать, которая его узнать не может. Перепуганный герой мчится к ближайшему водоёму, задавая себе вопрос, который будет мучить его на протяжении всей оставшейся жизни: "Кто я?". Вновь появляется Орочимару, предлагая Кабуто отречься от деревни и стать его первым помощником и пособником в диких экспериментах над людьми в поисках вечной жизни.
Спустя много лет, змеиный Саннин задумывает атаковать родную деревню во время экзамена на титул Чунина, на который для разведки в качестве участника посылает Кабуто. Ему удаётся пройти несколько этапов, а когда приходит время, он усыпляет трибуны, позволяя начать вторжение, в котором лично Кабуто участия не принимает.
Во время Битвы Трёх Саннинов, Кабуто снова предстаёт как правая рука Орочимару, сражаясь за него и получая травму от "Расенгана" Наруто, а затем и от Шизуне на пару с Цунаде. Когда же сражающийся с Джирайей змей терпит поражение, оба сбегают с поля боя.
Далее Кабуто следит за состоянием как самого Орочимару, которому требуется срочная смена тела, так и за его подопытными. Отыграв роль шпиона на Мосту Тенчи, он пытается препятствовать отряду Ямато в определении местонахождения Саске, но безуспешно. Когда молодому Учихе удаётся убить Белого Змея, Кабуто не теряет возможности пересадить себе часть его клеток и стать ближе по силе к Орочимару, чтобы в дальнейшем его превзойти. С течением времени Кабуто становится всё более похожим на своего бывшего господина: его кожа белеет и покрывается чешуёй, а в брюшной области красуется гигантская белая змея. Усовершенствовав "Эдо Тенсей", он собирает армию мертвецов и заключает союз с Обито, становясь одной из ключевых фигур Четвёртой Мировой Войны. Затем он проникает на Остров-Черепаху, похищая Ямато для усиления его клетками армады клонов Зецу.
На протяжении всех боевых действий Кабуто отсиживается в пещере, наблюдая за тем, как его воскрешённые пешки выходят из строя одна за другой, пока освободившийся от оков воскрешения Учиха Итачи с братом не находят его. Кабуто входит в "Режим Отшельника", который ему всё же удалось изучить, чего не смог сделать Орочимару, но несмотря на обретённую силу попадается в "Изанами" и волей Итачи отменяет "Эдо Тенсей", делая Альянс на шаг ближе к победе в войне.
Длительное время томясь во временной петле, Кабуто переосмысливает свою сущность и приходит на помощь умирающему на поле боя Саске, спасая его и встречаясь со старым покровителем Орочимару.
