Джирайя родился в Конохе. Окончив академию, он стал учеником Сарутоби Хирузена – будущего Третьего Хокаге. Его напарниками были выбраны Цунаде и Орочимару.
Однажды Джирайя случайно оказывается на жабьей горе Мьёбоку, где начинает освоение «Искусства Отшельника». В то же время местный жабий староста оглашает пророчество: Джирайя вырастет сильным, но крайне извращённым шиноби, начнёт писать книги, а также обучит того, кто сможет разрушить или принести мир на эту землю.
Покинув гору, юноша прямиком отправляется на войну. В Стране Дождя он и его товарищи сталкиваются с Ханзо, который признаёт троицу достойными противниками и нарекает Саннинами.
Чуть позже Саннины встречают на своём пути трёх сирот и Джирайя остаётся с ними, дабы научить детей основам выживания и обеспечить им светлое будущее. Особое внимание Саннин уделяет Узумаки Нагато и считает, что именно о нём шла речь в пророчестве.
Вернувшись в родную деревню, Джирайя вновь берётся за обучение, на этот раз Намиказе Минато – будущего Четвёртого Хокаге. Напарник Джирайи, Орочимару, предаёт Коноху и покидает давно обжитые края. В странствия пускаются и остальные Саннины.
Проходит много лет. Джирайя возвращается в деревню, где встречает Наруто и решает его тренировать. Саннин обучает молодого Джинчурики Призыву, «Расенгану», даёт отпор пришедшим за Наруто Итачи и Кисаме, находит Цунаде и сражается с Орочимару, а после предательства Учихи Саске, желая сделать Наруто сильнее, уходит вместе с ним в странствия на два с половиной года.
По возвращению в Коноху, Джирайя начинает сбор информации об «Акацки». Он проникает в Скрытый Дождь, где встречает лидера организации, который внешне выглядит как один из его учеников - Яхико, но имеет Риннеган, какой был лишь у Нагато. С ним и третья ученица Саннина – Конан. Несмотря на уговоры бывшего учителя, Пейн не желает раскрывать своей сущности и атакует его. Джирайе приходится биться в одиночку против шести тел, и даже «Режим Отшельника» не даёт одержать верх. Перед смертью он выжигает на спине призванного Фукасаку шифр для Наруто, а затем его мертвое тело погружается на морское дно. Последними мыслями Саннина были воспоминания о Наруто, который и являлся тем самым учеником из пророчества, коему суждено принести мир и спокойствие.
