С самой юности Шимура Данзо соревновался с Хирузеном за титул Хокаге, который в итоге достался второму, в то время как первый ушёл в тень, создав «Корень АНБУ».
Данзо был одним из тех, кто участвовал в заговоре против клана Учиха. Пытаясь искоренить всех до единого, он посылает Сая с целью убить одного из последних представителей клана – Саске, тем самым нарушая данное Итачи обещание. Однако миссия проваливается и Данзо остаётся лишь наблюдать за положением дел из тени.
Он проявляет недовольство проведением политики Цунаде, однако предпочитает действовать скрытно. Шимура всячески старается сохранить Джинчурики Конохи - Наруто, - и даже убивает дружественную жабу-гонца, во время нападения Пейна.
Когда Пятая Хокаге ложится в кому, Данзо временно становится шестым в качестве кандидата на участника предстоящего Совета Пяти Каге. Он пытается взять ситуацию в свои руки и прибрать власть в будущем альянсе, однако неожиданно явившийся Саске рушит все планы, пускаясь за временным Хокаге в погоню. Наконец молодой Учиха настигает Данзо и ступает с ним в длительную схватку. Помимо мощнейших техник ветра, Шимура использует имплантированные в правую руку Шаринганы и неоднократно создаёт иллюзию собственной смерти – «Изанаги». Но в конце концов все глаза закрываются и Данзо на исходе сил применяет на себе «Обратную четырёхгранную печать», желая унести с собой в могилу Саске и Обито, перед смертью вспоминая юные годы соперничества с Хирузеном и размышляя о том, что он сделал для своей деревни.
